2006 年前總統陳水扁在任內終止國家統一綱領，原來是和當時的國民黨主席馬英九有關，陳水扁說當時他聽到，馬英九說國民黨的終極目標就是依照國統綱領，讓兩岸終極統一，他認為國統會沒有法源依據，不該由執政黨單方面決定，所以才會終止國統會運作。
2006 年時任總統的陳水扁回母校台南麻豆國中發紅包，拋出考慮廢除國家統一綱領，原來是有原因的。
陳水扁說：「馬英九接受了美國新聞周刊專訪，他特別講到國民黨的終極目標，就是要統一，他說他的根據是依照國家統一綱領主張一個中國，接受終極統一，有人竟然要適用國統綱領要統一，要讓中國解放軍統一。」
陳水扁指出當時國統會不僅被外界認為，是沒有法源依據的黑機關，而且沒在運作，因此決定終止國統會運作、廢除國統綱領，美國為此還派特使團來台。
陳水扁說：「邱義仁當時是國安會秘書長，馬上和美國國安會副顧問辦公室聯繫，小布希總統也剛好去那個辦公室，聽到之後他也很高興。」
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